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菌种是指从事微生物学及生命科学研究的基本材料，在医学领域中，诊断制品的制备，菌苗的生产、微生物致病性研究，药物的抑菌试验及药品微生物检验等都有一套完整的菌种菌种分为母种（一级种）、原种（二级种）和栽培种（三级种）三级。
微生物菌种购买方面企业生产一般是按国家要求，正常情况下需要国家指定的菌保中心购买菌种，不得采用外来菌种。如实验企业没有指定的菌保中心可以随机购买。
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