微生物群落是指在一定区域里，或一定生境里，各种微生物种群相互松散结合，或有组织紧凑结合的一种结构单位。有共生作用，拮抗作用，有些还有降解，生防作用，微生物的作用是很神奇的，利用微生物的特性可以为人类做出许多贡献！
生态环境中的微生物也存在个体、种群、群落和生态系统从低到高的组织层次，与动物、植物相比，微生物具有更强的群体性。在这个系列中，群落处在关键的位置上，种群的相互作用是特定群落形成和结构的基础，生态系统所表现出来的生态功能也取决于群落的功能。
在自然界中，微生物极少单独存在，总是较多种群聚集在一起。当微生物的不同种类或微生物与其他生物出现在一个限定的空间内，它们之间互为环境，相互影响，既有相互依赖又有相互排斥，表现出相互间复杂的关系。
一、寄生：一种种群对另一种群的直接侵入，寄生者从寄主生活的细胞或生活组织获得营养，而对寄主产生不利影响。如木霉和核丝菌，噬菌体和细菌等。
二、协同作用：相互作用的两种种群相互有利，二者之间是一种非专性的松散联合。如硝酸细菌和亚硝酸细菌。
三、互惠共生：相互作用的两种种群相互有利，二者之间是一种专性的和紧密的联合，联合的种群发展成一个共生体。如地衣。
四、偏害作用：一种种群阻碍另一种种群的生长，而对第一种种群无影响。即一种微生物通过产生特殊代谢产物或改变环境条件来抑制或杀死另一种微生物的现象，也称拮抗、偏害共栖。如硫化细菌产生硫酸降低环境的 PH ，抑制不耐酸的各种细菌生长。
五、竞争：两种种群因需要相同的生长基质或其他环境因子，致使增长率和种群密度受到限制时发生作用，其结果对两种种群都是不利的。
六、捕食：一种种群被另一种种群完全吞食，捕食者种群从被捕食者种群得到营养，而对被捕食者种群产生不利影响。即一种微生物直接吞食另一种微生物的现象。
七、偏利作用：一种种群因另一种群的存在或生命活动而得利，而后者没有从前者受益或受害。如贝氏硫细菌氧化 H2S 可解除对 H2S 敏感细菌的毒性。
八、中立生活：两种群之间在一起彼此没有影响或仅存无关紧要的影响。如乳杆菌和链球菌，一般发生在种群之间代谢能力差异极大或微生物总量很小而且代谢活力有极低的生态环境中。
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