随着分子生物学的发展，综上所述。基因诊断技术的提高，环境微生物分类鉴定的方法不时出现和完善。分子分类是分子水平上对微生物个体的DNA RNA 和蛋白质进行研究，并根据获得的基因型信息对环境微生物个体进行分类。分子分类的方法弥补了过去常用的激进分类方法的分类缺点，对环境微生物分类研究提供了更详尽的依据。目前存在各种方法，都有各自的优点，但也存在缺乏，这些方法使环境微生物分类的水平不时提高，由最初的区分不同属、种的环境微生物发展到对同种不同株的环境微生物进行区分。为了更准确地对环境微生物进行分类鉴定，应将不同的方法结合起来，同时继续完善现有的和研究新的方法。
Woes等对细胞色素C16SrRNA 等生物大分子研究的结果。至今，古细菌的发现。细胞色素C仍是从进化角度研究的最充分的蛋白质，已系统研究了40余种生物。而核糖体AT-L30及其他蛋白的氨基酸顺序则可能成为放线菌分类的有利工具。研究人员还正在进一步寻找更合适的蛋白质，分析其氨基酸顺序，以获得更有用、更可靠的信息。
一种不需要价格高贵的设备，操作方便，又能迅速获得试验结果的方法。蛋白质图谱可通过聚丙烯酰胺凝胶电泳(polyacrylamidgelelectrophoresis,蛋白质图谱分析有全细胞蛋白质图谱分析和特定类群蛋白质图谱分析。PA GE获得，尤其是用PatrickoFarrel发展的双向聚丙烯酰胺凝胶电泳将更为精确。该法是解决疑难种的鉴定等分类学问题的较为简便易行的方法。解决什么是种内形态变异和什么是种间性状交叉问题时成为一个很重要的依据。近年来，核糖体蛋白图谱用于放线菌分类已开始受到重视，而可溶性蛋白的电泳图谱已广泛用于真菌分类中。此外，Vancanneyt等证明可溶性蛋白的一级电泳图谱对酵母菌的种内及种间分类也很有意义。而同工酶电泳图谱则可应用于种及种下的分类。细菌细胞色素的PA GE分析也显示出分类意义。
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