清水型水生微生物主要是那些能生长于有机物质含量低的洁净的湖泊和水库中的化能自养型或光能自养型微生物。能在低营养条件下生长。如硫细菌、铁细菌和球衣细菌等，对氧的要求也低。一般为水体中固有的微生物。还有能进行光合作用的蓝细菌和绿硫细菌、紫硫细菌等，仅从水域中获取无机物质或少量有机物质作为营养。少量异养微生物也能生长，但属于只在低浓度(115mgL有机物质的培养环境中生长的贫营养细菌或称寡营养细菌(oligotrophbacteria如寡养土壤单胞菌(Agromonaoligotrophica就可在小于1mgL培养基上正常生长。色杆菌属、无色杆菌属和微球菌能在含氮量极少的水域生长；柄杆菌(Caulobactsp.也能在低营养水域中生长。单细胞和丝状的藻类也可在清洁的水中生活，绿藻、硅藻和裸藻是罕见的种类。清水型水生微生物中还有原生动物，罕见的有鞭毛虫类和纤毛虫类，以水中浮游植物和细菌为食，使生活的水体变得更清洁。
某些肠道微生物(包括肠道病原微生物)清洁的自然水体中一般不能临时生存，常受水体类型、层次、季节、污染情况等各种因素的影响。淡水区域的自然环境多靠近陆地。但也有很多微生物由于不能适应寡营养水体环境而死亡。有的甚至只能存活几天。清洁淡水水体细菌总数一般为每毫升只有几十至几百个。腐生型水生微生物 指在含有大量外来有机物的水体中生长的微生物。腐败的有机残体，动物和人类排泄物，生活污水和工业有机废物、废水大量进入水体，引起水质腐败。由于有机物和无机盐的浓度大大增加，致使水中微生物和原生动物等大量发育繁殖，这类微生物主要为各种肠道杆菌、芽孢杆菌、螺菌和弧菌等，原生动物有纤毛虫类、鞭毛虫类和肉足虫类。蓝细菌和藻类在腐生型水体中也大量繁殖，形成有机质丰富的微环境，从而使腐生型细菌也随之大量繁殖。
微生物在水体中的分布和数量由于水体环境的不同而不同。因此，淡水中的微生物主要来源于土壤、空气、工业生产废弃物、废水及生活污水、人和动物的排泄物以及死亡腐败的动植物尸体等。事实上，土壤中所有细菌、放线菌和大部分真菌，水中几乎都能找到并且成为淡水中的固有种。
大气水和雨雪仅为空气尘埃所携带的微生物所污染。尤其在长时间降雨过程的后期，数量不高。菌数较少甚至可达无菌状态。高山积雪中也很少。主要有各种细菌和放线菌及真菌的孢子。
因此乡村下游河水中的微生物无论在数量上还是种类上都要比上游河水中的丰富得多。河水中藻类、细菌和原生动物等都有存在一般1mL腐生型水中细菌数目可多达几千万甚至几亿个。细菌种类上主要是芽孢杆菌属、梭菌属、变形菌属、大肠杆菌、粪链球菌(Streptococcufaecali和弧菌(Vibrisp．)螺菌(Spiriliumsp．)另外还有大量酵母菌。流动的江河流水中微生物的种类与流经接触的土壤和是否流经乡村密切相关。河水流经乡村时可由于大量的乡村污水、污物进入河流而有大量的微生物进入河水。
池塘水一般由于靠近村舍。且受人畜粪便污染，有机物进入量较丰富。因此往往有大量腐生型细菌、藻类、原生动物生存和繁殖。水体表层常有好氧细菌生长和单细胞或丝状藻类繁殖，而在下层和底泥层则常有厌氧或兼性厌氧细菌分布，如脱硫弧菌属、甲烷杆菌属(Methanobacterium和甲烷球菌属(Methanococcu以及鞘细菌。
湖泊中的微生物分布与池塘中的相类似。但在大型湖泊中。致使微生物的分布在各部分水体中有所差异。一般沿岸水域中的微生物要比湖泊中心水域中的微生物丰富得多、活性也高。自养细菌是许多湖泊的土著微生物，由于水体不流动性和污染物分布不均匀。这些微生物对于湖泊的营养物循环起着非常重要的作用。湖泊中常见的自养细菌是蓝细菌和紫色、绿色光合细菌，蓝细菌主要为微囊藻和鱼腥藻，淡水生境中主要的水生微生物。湖泊中化能自养菌在氮、硫和铁循环中起着重要的作用，特别是硝化单胞菌、硝化杆菌和硫杆菌在淡水微生物群落中是重要的成员。
湖泊中。如光穿透、温度和氧气浓度等，由于在垂直方向上许多非生物因素的差别。使细菌分布有很大的不同。接近湖面的地方，光穿透有利于蓝细菌的光能自养代谢，通常蓝细菌数目很高，更深地方的蓝细菌则为外来微生物。湖泊较深的地方，因氧气浓度很小，存在足够的H2S并且还有足够的光穿透，故生活有厌氧的营光能自养生活的绿菌科(Chlorobiacea和红硫菌科(Chromatiacea从湖面到湖底都有异养细菌的分布，但是以有机物浓度高的地方数量为多。湖底堆积泥外表厌氧光能自养细菌的生活，使水体出现特征性的颜色，堆积泥表面上的一些植物碎片上生长有降解纤维素的真菌，能进行厌氧呼吸的细菌也是堆积泥表面的主要微生物，其中的假单胞菌能进行反硝化作用。堆积泥中生活的微生物主要是专性厌氧细菌，包括梭状芽孢杆菌、产甲烷细菌和发生硫化氢的脱硫弧菌。湖泊中真菌种属常因可利用的有机物和其他因素的变化而发生变化。河流和湖泊中的植物残体上经常可以找到子囊菌和半知菌。当这些植物残体被降解后，有关的真菌便消失。河流、溪流和湖泊中常见的酵母菌有球拟酵母属(Torulopsi假丝酵母属、红酵母属(Rhodotorula和隐球酵母属(Cryptococcu发酵的能力很差。
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