兼氧处理法:兼氧处理是将厌氧处理废水的过程控制在水解或酸化阶段，利用兼性厌氧的水解产酸细菌，把废水中难降解的复杂有机物转化为简单有机物的废水处理方法。利用这种废水处理方法不仅能降低水的污染程度，而且能降低其中有机物的复杂程度
而有利于好氧处理。例如，根据产甲烷细菌只有在中性和绝对厌氧条件下缓慢生长的特点，通过改变环境的pH值、通氧量、温度等因素，抑制产甲烷细菌的生长，从而使有机污染物的分解处于水解阶段。兼氧处理适用于PVA废水、表面活性剂废水、焦化废水、印染废水的处理。
光合细菌法:光合细菌(photosynthetic bacteria，PSB)能在厌氧光照条件下进行不产氧的光合作用，具有随生长条件的变化而灵活改变代谢类型的特点，因此它能处理每升上万毫克BOD浓度的有机废水。同时PSB细胞内富含占细胞总量约65％的蛋白质和维生索B，具有巨大的实用价值，可作为禽畜饲料和鱼虾饵料等。目前用于有机废水处理的PSB主要是红螺菌科的类群，它们不仅能在厌氧光照下以低级脂肪酸、多种二羧酸、醇类、糖类、芳香族化合物等低分子有机物作为光合作用的电子供体，进行光能异养生长；而且能在好氧黑暗条件下，以有机物为呼吸基质进行好氧异养生长。因此，PSB既不像好氧的活性污泥细菌那样受污水中溶解氧浓度的限制，它可以利用光能进行高效的能量代谢，即使是微弱的光照也能利用；又不像严格厌氧的产甲烷细菌等对氧的存在非常敏感，恰恰相反，它可以在有氧条件下分解有机物，通过氧化磷酸化获得能量。斟此，在PSB处理系统中．保持自然光和微好氧条件，就有可能维持PSB在系统中的优势，充分发挥它的处理能力。
光合细菌在有光照缺氧的环境中能进行光合作用，利用光能进行光合作用，利用光能同化二氧化碳，与绿色植物不同的是,它们的光合作用是不产氧的。光合细菌细胞内只有一个光系统，即PSI，光合作用的原始供氢体不是水，而是H2S （或一些有机物），这样它进行光合作用的结果是产生了H2，分解有机物，同时还能固定空气的分子氮生氨。光合细菌在自身的同化代谢过程中，又完成了产氢、固氮、分解有机物三个自然界物质循环中极为重要的化学过程。这些独特的生理特性使它们在生态系统中的地位显得极为重要。
光合细菌的适宜水温为15—400C,最适水温为28—360C。在水产养殖中，能够降解水体中的亚硝酸盐、硫化物等有毒物质，实现充当饵料、净化水质、预防疾病、作为饲料添加剂等功能，光合细菌适应性强，能忍耐高深度的有机废水和较强的分解转化能力，对酚、氰等毒物有一定有忍受和分解能力等特点，它的诸多特性，使其在无公害水产养殖中具有巨大的应用价值。
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