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国家海洋局第二海洋研究所创建于1966年，是一座学科齐全、科技力量雄厚、设备先进的综合型公益性海洋研究机构。主要职能是从事海洋基础研究、应用基础研究和高新技术研究，促进海洋科技进步，为海洋管理、公益服务、海洋经济发展及海洋安全提供科技支撑。作为国内从事海洋调查与研究的主要单位之一，建有一个国家重点实验室——卫星海洋环境动力学国家重点实验室和三个国家海洋局开放实验室——国家海洋局海底科学重点实验室、海洋动力过程与卫星海洋学重点实验室、国家海洋局海洋生态系统与生物地球化学重点实验室以及一个所级重点实验室——工程海洋学重点实验室，包含海洋工程勘测设计研究中心、检测中心、海洋标准物质中心、海洋科技信息中心等技术服务机构和技术支撑体系。拥有与国际接轨的、可用于近岸到深海海洋调查研究所需的、总价值上亿元的多专业内外业仪器设备。
现有专业技术人员300余人，其中中国科学院院士1人，中国工程院院士2人，浙江省特级专家1人，研究员78人，副研究员及高级工程师76人；有25人享受政府特殊津贴，国家“千人计划”高层次人才1人，1人入选国家“百千万人才工程”，3人次担任973首席科学家，60余人分别进入国家海洋局“双百人才工程”和浙江省151人才工程”。是国务院学位委员会1981年首批批准的理学硕士学位授予单位；有物理海洋学、海洋地质学、海洋遥感、海洋化学、海洋生物学等10多个学科专业分别依托国内外著名大学、研究所招收博士研究生，具有单独招收博士后研究人员的博士后科研工作站，拥有为国内外访问学者提供工作和合作研究的职位。
多年来，承担了多项国家“973”重大基础研究项目、国家“863”高新技术项目、国家科技支撑项目、国家自然科学基金重大和重点项目、国家重大专项、国防安全项目和部、省重点科技项目。共获国家、省、部级科技进步奖150多项，其中国家一、二、三等奖11项，省、部级一等奖40项。是国家海洋局海洋科学调查研究对外合作的主要窗口之一，先后与美、德、法、日、澳、荷等20多个国家和地区进行合作调查研究。主编出版海洋综合性国内学术核心期刊《海洋学研究》。拥有国家计量认证合格单位证书、国家级海洋工程勘察设计甲级证书和海洋测绘甲级证书等资质证书。
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