食品是人类赖以生存和发展的物质基础,而食品安全问题是关系到人身健康、经济发展和社会稳定的重大问题。食品微生物检验是评价食品卫生质量、保证食品安全、预防和控制食源性疾病的重要手段之一,食品卫生微生物检验数据的准确性直接关系到食品卫生日常监督的科学性、权威性以及食源性疾病预防与控制的有效性。为保证我国食品卫生微生物检验的质量,提高微生物检验结果的可靠性,除了检验人员的专业技术、工作经验和仪器设备要求较高以外,还必须加强对实验环境、试剂、标准物质、血清和培养基的管理,更重要的是要进行微生物实验室的质量控制。
质量控制是食品微生物学实验室为了保证检验结果实事求是地反映客观存在而建立的操作程序体系。是保证食源性致病菌的培养、分离、鉴定及血清学试验等的准确性，避免因操作变化导致检验结果错误。它分为室内质量控制和室间质量评价。室内质量控制是实验室内部采取的以对比分析、跟踪以及对实验室工作的连续性控制计划；室间质量评价是通过互相校准和/或检验对实验室的操作和结果所进行的评价。
实验室应当聘请具有一定微生物学资质的人来操作，并且要经过考核合格后方能上岗。要求其具有较熟练的操作技能，强烈的质量意识，并且严格遵守无菌操作规程，减少人为因素带来的困扰。
操作要求：(1)操作人员牢记无菌观念，整个过程要求无菌操作，严格按照 GB／T4789食品微生物检验标准进行操作。(2)用无菌工具无菌操作取样。(3)按照GB／T4789标准方法进行数据处理，得出实验结果。
从事微生物检验的实验室属于特殊实验环境，也是实验结果保证的一个重要环节。实验室应具备进行微生物检验所需的适宜、充分的实施条件，包括检测设施(专用于微生物检测和相关活动)和辅助设施(大门、走廊、管理区、样品区、清洁间)。同时应制定合理的环境监测程序，并对其记录结果进行数据分析。
根据实验室所涉及微生物检验的种类和GB19489-2008《实验室生物安全通用要求》确定实验室属于何种防护等级的生物安全实验室，其基本配置是否满足该等级微生物检验的要求和生物安全要求。
实验室应具备开展相关检测项目的设备/仪器，并制定和实施相关设备/仪器的维护、校准和性能验证的程序，以确保其处于良好工作状态。并根据使用频率在特定时间间隔内进行维护和性能验证，并保存相关记录。
培养基及试剂等的质量要求GB/T27405-2008《实验室质量控制规范食品微生物检测理解与实施》中明确指出了微生物实验室必须对培养基进行评估。因此微生物实验室对每次购进的培养基必须采用标准质控菌株或生化反应等措施来进行必要的技术验证，以确保培养基的质量。
检验过程的质量要求检验过程的质量控制可采取以下方法：定期使用有证标准物质和次级标准物质(参考物质)进行内部质量控制；参加实验室间的比对或能力验证；利用相同或不同方法进行重复检测；对留存的样品进行再检测。在整个检测过程中，要设立阳性、阴性对照，这项工作实际上是对操作过程的质量控制，也是对人员能力、仪器设备、培养基以及环境设施的间接控制。在检测过程中如果出现异常情况可及时查找原因，及时排除。
实验室安全要求实验室应根据所操作的生物因子的危害程度采取相应的防护措施，相关防护屏障要符合相应生物安全级别的要求。为确保微生物检验人员不受危害，应规定微生物实验室的操作规程和检验人员应配备个人防护用品。同时，微生物实验室应有警示标识，以警示进入实验室的人员了解其可能产生的危害，必须进行相关防护后才能进入。加强检验人员的安全知识培训。微生物实验室必须对实验过程中所产生的废弃物通过一定的灭菌处理后才能废弃。
食品微生物检验的室间质量要求室间质量控制的一般性检查项目包括：
(1)仪器设备的操作书，使用、保养、维修记录。
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