中药中黄酮类化合物种类多，由于其结构和状态的不同使得溶解度存在着很大的差异。游离的苷元难溶或不溶于水，而易溶于甲醇、乙醇、乙酸乙酯、乙醚等有机溶剂或稀碱溶液，其中有些平面型分子，如黄酮、黄酮醇、查耳酮等，分子间排列紧密，引力较大，难溶于水；而非平面型分子，如二氢衍生物，其分子间排列较松弛，引力降低，有利于水分子的进入，较易溶于水。
黄酮类化合物中引入的羟基越多，在水中溶解度也越大。羟基经甲基化或乙酰化后，增加了在有机溶剂中的溶解度。黄酮类化合物成苷后，在有机溶剂中的溶解度减小，相应地在水中的溶解度就增加，且糖链越长，水溶度越大。另外，糖的结合位置不同，对苷在水中的溶解度也有一定的影响，以棉黄素( gossipetin)为例，其3-0-葡萄糖苷的水溶度大于7-0-葡萄糖苷。
中药植物中常含有水解苷的水解酶，因此在提取黄酮类化合物时一定要先使酶失活。使酶失活的方法有许多种，如用沸水或大于70%的乙醇来提取，提取时加入石灰等。
关于黄酮类化合物的提取方法，近几年发展很快，也提出了不少新的思想，如超滤法、超声波法、超临界C02萃取法等。
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