不同核糖体RNA 基因的PCR-RFLP分析只要内切酶选择合适，细菌分类中的作用不同。16SrDNA PCR-RFLP细菌分类中应用最广的快速分群方法。这一分析中。分析结果则与16SrDNA 序列分析结果具有很好的一致性。许多研究结果标明，16SrDNA PCR-RFLP指纹图谱具有种的特异性，与数值分类和DNA 同源性分析同时使用，可较好地对细菌进行种水平的分类。23SrDNA 比16SrDNA 分子量大，包括更多的遗传信息，但将其应用于分类并不像16SrDNA 那样普遍和成熟。Terefework等对不同种的根瘤菌菌株进行了23SrDNA PCR-RFLP和16SrDNA PCR-RFLP分析，两种分析技术的结果具有较好的一致性，但对不同种发育地位的确定仍存在一定的差异，因此认为23SrDNA PCR-RFLP分析在细菌分类中的作用还无法做出最后的结论。16SrDNA 23SrDNA 基因的间隔区序列(intergenspaceIGS一种多拷贝的DNA 短片段，其长度和序列的变异水平大，将其扩增后用多位点内切酶消化可得出种、亚种、生物型甚至菌株水平特异的DNA 指纹图谱用于分类。IGS-RFLP分析比23SrDNA PCR-RFLP和16SrDNA PCR-RFLP分析更灵敏，近年来在细菌种及种以下水平的分类鉴定中应用得越来越普遍。
rDNA PCR-RFLP分析不只具有PCR简单快速、样品用量少、可直接从细胞中扩增的特点。普通的实验室中即可进行，同时防止了高贵的序列分析费用和放射性同位素的使用。因此这一方法已广泛应用于细菌的鉴定、分类和物种多样性的研究中。
PCR-RFLP聚合酶链式反应连接的限制性片段长度多态性分析的简称。PCR和 DNA 序列分析基础上产生的RFLP技术。该方法是通过 PCR扩增一段 DNA 片段。消化 PCR产物，然后再选择适当的限制性内切酶。经电泳，可得到有特异性的电泳谱带，从而达到鉴定不同基因型的目的
合成目的DNA 片段的新互补链。如此经过n个周期，理论上扩增2n倍,可使目的DNA 片段得以迅速扩增。其主要步骤是将待扩增的模板DNA 置于高温(约93℃-95℃)下使之变性解链；人工合成的两个寡核苷酸引物在低温(约50℃-70℃)下分别与目的DNA 片段两侧的互补序列复性结合；引物在DNA 聚合酶作用（约70℃-75℃）下沿模板按53方向延伸。聚合酶链式反应（PCR模拟体内DNA 复制条件在体外酶促合成特异DNA 片段的循环反应。一般PCR经30-40周期后可获得百万倍以上的目的DNA
聚合酶链式反应—限制性片段长度多态（PCRRFLP分析技术是PCR技术基础上发展起来的DNA 碱基置换正好发生在某种限制性内切酶识别位点上。利用这一酶切性质的改变，使酶切位点增加或者消失。PCR特异扩增包括碱基置换的这段DNA 经某一限制酶切割，再利用琼脂糖凝胶电泳分离酶切产物，与正常比较来确定是否变异。应用PCRRFLP可检测某一致病基因已知的点突变，进行直接基因诊断，也可以此为遗传标志进行连锁分析进行间接基因诊断。
一般而言。用现有限制性内切酶酶解得到片段太多，细菌的基因组DNA 较大。且比较复杂，所以难以比较。但为了得到既简单又具有足够信息以计算不同菌株之间遗传距离的电泳图谱，人们将PCR技术与RFLP分析结合在一起，即利用PCR技术扩增普遍存在于细菌中的激进基因区域，再用特异的限制性内切酶对得到特殊基因片段进行酶切、电泳和图谱分析(PCR-RFLP分析)用于这一目的特殊基因主要是核糖体RNA 基因，即16SrDNA 23SrDNA 和16SrDNA 23SrDNA 基因的间隔区序列，此外根瘤菌的结瘤基因和固氮基因等也曾用于PCR-RFLP。
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