RoiDWardP等利用PFGE对不同来源的双歧杆菌进行区分。RousselY利用PFGE将9株生化特性具有明显区别的生产用菌株确定为嗜酸乳芽孢杆菌(LactobacilluacidophiluPFGE虽步骤简单。需23天，但耗时较长。这就降低了实验室分析大量样品的能力，使其应用受到限制。
脉冲电泳的基本原理 所有逾越一定大小的线状DNA 分子在琼脂糖凝胶中的迁移速率相同。当线状DNA 双链体的螺旋半径逾越凝胶孔径时。此时凝胶不能再按分子大小筛分DNA DNA 像通过弯管一样，即达到分辨率的极限。以其一端指向电场一级而通过凝胶，这种迁移模式称为“爬行”即使低浓度的琼脂糖也不能分辨大于750kb线状DNA 分子。PFGEpulsfieldgelelectrophoresi脉冲电场凝胶电泳，有效地解决了这个问题，此方法为在凝胶上外加正交的交变脉冲电场。每当电场方向改变后，大DNA 分子便滞留在爬行管里，直至沿新的电场轴向重新定向后，才干继续向前移动，DNA 分子越大，这种重排所需要的时间就越长。若DNA 分子变换方向的时间小于电脉冲周期，DNA 分子就可以按大小分开。由于技术的改进，现在已可分辨大于5000kbDNA 分子。
核糖核酸分型法(rlbo-typ 另一种改良的RFLP采用不同组合的限制性内切酶消化基因组DNA 经电泳分离后与标记(同位素、生物素或荧光素)核酸探针进行杂交后而显示不同种群的DNA 指纹图的差异。核糖核酸分型法(ribotyp一个典型的RFLP衍生方法。至今不过10年的发展历史，应用脉冲电泳分析法发展起来的新的实验技术。但由于它分离DNA 分子的能力可达10Mb使得在染色体基因组基础上的研究开创了新局面。目前已应用在真菌尤其是丝状真菌的分类中，也可用于香菇属、疫霉属以及酵母菌的种间
原理：细菌的基因组通常含有多个拷贝的rRNA 基因支配子。因而所产生的限制性片段具有多态性，每个支配子由16SrRNA 23SrRNA 5SrRNA tRNA 及间隔区序列组成。不同种群的rRNA 基因支配子中的片段序列存在差异。有可能发生有用的分类学信息，而rRNA 基因的激进性又使得利用一个单一的rRNA 探针达到比较研究的目的成为可能。
技术路线：①内切酶消化染色体DNA 及限制性片段的凝胶电泳分离。操作简单可靠；②同位素标志核酸探针；③Southern转印和杂交。目前染色体DNA 提取、纯化、酶切均有高品质的试剂盒。
结果分析：①不同种群的特异的RFLP带谱需要特定的限制性内切酶产生；②当使用一种限制性内切酶消化染色体DNA 时。难以显示物种间的差异，所产生RFLP带谱往往相似。但几种限制性内切酶有机结合发生的RFLP带谱甚至可鉴别种内株间的差异；⑧如果使用同一规范分子量为对照，并使用统一的RFLP数据库，那么可将RFLP带谱作为未知菌株快速鉴定的方法之一；④当使用rRNA 作为探针时，通过RFLP可鉴定不同种群的基因组所含的rRNA 基因拷贝数。
低频限制性内切酶片段分析(LFRFA 由于RFLP分析的缺点是DNA 酶切片段较复杂。则DNA 片段数量就会大大减少，难于比较。如果选用专一识别68个碱基序列的限制性内切酶。这就是低频限制性内切酶片段分析(LFRFA LFRFA 被认为是目前分辨率最高的DNA 分型法之一。因其酶切消化所得的片段减少，得到DNA 指纹图谱较简单，可用于细菌的聚类。但是这样切出的DNA 片段太大而不能用琼脂糖凝胶电泳分开，只能用脉冲场凝胶电泳(PFGE分开。
PFGE被认为是分子生物学分类方法的金标准”已经进行了很多针对用不同酶消化的细菌发生的图谱的研究。优于其他方法。通过计算机凝胶扫描，证明PFGE具有高分辨率且结果易于分析。软件分析，可以建立对所有微生物的PFGE图谱的数据库，以便各菌株间的比较。
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