污染土壤的病原微生物不仅危害人类健康，也严重地危害植物，引起多种植物病害，造成农业减产。土壤微生物污染是指一个或几个有害的生物种群从外界环境侵入土壤并大量繁殖，引起土壤质量下降，不仅破坏原来的生态平衡，还会对动植物和人体健康以及生态系统造成不良影响。
正如我国是一个农业大国，肥料需求量巨大，人们的传统观念就认为生活污水含有不可多得的养分，而人畜粪便更是含有丰富的有机营养，再说大家都觉得农作物还可以净化污水。因此，污水灌溉和粪便施肥一直是我国农业的一大特点。然而，正如前面所说，生活污水含有大量细菌，工业和医院废水更是富含各种病原体。另外有资料显示，污泥、垃圾和粪肥都可能携带大量病原微生物和寄生虫卵。许多农民都习惯把病死的禽畜埋起来，这些病毒尸体也是土壤中致病菌的一大来源，容易引起土壤生物污染并扩大疾病的传播。还有事物都是普遍联系的，大气圈和水圈中的微生物也可以进入土壤引起生物污染病原体危害人体污染土壤的主要途径如下：
(1)人人体排出的病原体直接污染土壤，或经由施肥及污灌等污染土壤。在被污染的土壤上种植蔬菜瓜果、人与污染土壤接触或生吃此等蔬菜瓜果而感染致病。
(2)有病动物排除病原体污染土壤，然后感染人体致病。例如，炭疽病是人畜共患病，炭疽芽孢杆菌是炭疽的病原菌，其芽孢对环境和化学因素具有很大的抵抗力，在牲畜的皮毛里能存活多年，在土壤中可存活60年以上。因此在某地区如果家畜感染了炭疽病，处理不当就会引起本病的不断传播，人因接触患病动物、尸体等而被感染。
(3)自然土壤中存在致病菌，人与污染土壤接触而感染得病。如土壤中存在破伤风梭菌，其芽孢可在土壤中存在很长时间，当人体表皮肤受损，该菌可通过伤口侵入人体而发生破伤风。肉毒梭菌可在土壤和动物粪便中存在，从而污染食物并生产毒素，引起严重的中毒性疾病。生长在土壤或蔬菜中的霉菌能引起霉菌病，发生局部或全身的霉菌感染。
土地受到有毒物质污染就如同患上了恶性肿瘤，癌细胞不断侵噬大地的肌体。我国20％的耕地遭受污染，患上 “恶性肿瘤”，每年因此造成的直接损失相当于同期国民生产总值的1％。土地污染的危害不亚于水污染和大气污染，但人们却远不像关注水污染和大气污染那样关注土地污染。
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