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1979年以前，我国没有专门的农业微生物菌种保藏机构，农业微生物菌种由各个相关研究、教学单位自行保藏，保藏的菌种不仅数量少，而且分散、没有统一管理，很难为社会共享和利用。为加强微生物菌种的保藏、管理工作，原国家科委于1979年成立了包括“中国农业微生物菌种保藏管理中心(ACCC)”在内的7个国家级的专业微生物菌种保藏管理中心。中国农业微生物菌种保藏管理中心是我国唯一的农业微生物菌种保藏管理专门机构，设在中国农业科学院土壤肥料研究所（现农业资源与农业区划研究所），负责我国农业微生物菌种的收集、鉴定、保藏、供应及国际交流任务[1]。
中国农业微生物菌种保藏管理中心自成立以来，在采集、分离、收集、鉴定方面做了大量工作，使库藏菌种数量不断上升，积极开展菌种的交换、交流和供应工作，引进了一批重要的模式菌种和有特殊价值的菌种，不定期编辑出版《中国农业菌种目录》。目前保藏各类农业微生物菌种已达8000余株，其中3336株编入了2005年版的《中国农业菌种目录》，包括细菌、放线菌、酵母菌、丝状真菌和大型真菌，共252属716种(亚种或变种)[2]。每年向研究、教学单位和企业与个人等提供大量菌种，在促进我国农业微生物资源的研究、保护与利用方面发挥了重要作用。
除了中国农业微生物菌种保藏管理中心外，我国农业微生物相关研究、教学单位大都自行保藏有一定数量的微生物菌种，供本单位使用。这些单位大都没有专职保藏管理人员、有些单位保藏条件欠佳、菌种质量参差不齐。近几年，在国家自然科技资源平台项目和相关项目资助下，通过对微生物菌种资源的整理整合，不仅中国农业微生物菌种保藏管理中心的菌种库藏量有较大增加，也初步摸清了家底，制定了统一的菌种描述规范和菌种操作规程，构建了统一的菌种信息数据库，使微生物菌种资源的管理得到规范、社会共享程度得到很大提高。
2.2 我国农业微生物菌种资源的开发与利用
我国在20世纪50年代，就已开始微生物肥料和生物农药研究，60年代就已有固氮菌肥、5406菌肥、苏云金芽孢杆菌杀虫剂、鲁保一号大豆菟丝子防除剂、灭瘟素和春雷霉素等抗生素工厂化生产。食用菌生产也得到很大发展，培育了大量新品种。近二十年来，我国农业微生物菌种资源的开发与利用发展尤其迅速，在食用菌、微生物菌剂、微生物肥料、微生物农药、微生物饲料添加剂等方面均已形成产业，并在农业生产上发挥着越来越大的作用。同时，农业微生物资源的研究也推动了农业生物技术的发展。在此过程中，农业微生物菌种保藏管理中心发挥着菌种资源平台的作用。
2.2.1 食（药）用菌
食用菌一直是我国的传统出口商品，但我国食用菌产业的迅速发展起步于二十世纪七十年代，现已成为中国农业领域中的一个重要产业，2001年全国食用菌产量78l万吨，2002年达到876万吨，加工后的总产值408亿元。我国已是世界食用菌生产第一大国，2002年我国食（药）用菌产品出口量为38.21万吨、出口值4.63亿美元。在一些贫困或边远地区，食用菌生产已成为当地的支柱产业，不仅为农村剩余劳动力提供就业机会，而且创造了巨大的经济效益，1997年食用菌年产值超过一亿元的县就有12个[3，4]。
2.2.2 微生物菌剂
微生物菌剂是指功能微生物菌种经扩大培养后用一定的无菌载体吸附而成的活菌产品。农业上的这类产品包括豆科根瘤菌剂、固氮菌剂、磷细菌菌剂、硅酸盐细菌菌剂及其它土壤修复剂和生态调节剂等。微生物菌剂的应用可改善植物营养状况、促进植物生长、提高植物抗逆性和抗病性。豆科植物播种或移栽时接种根瘤菌，可使植株从共生固氮中获得生长所需的氮素，提高成活率和生长量。豆科根瘤菌在国内应用面积累计已达2000多万亩，可在退化草地改良和水土流失治理中发挥重要作用[3]。由多种微生物制成的发酵剂，可以用于畜禽粪便、农作物秸秆等有机废弃物的快速无害化和资源化处理。具有降解有机污染物功能的微生物制剂的研发则在土壤和环境的修复中以及减少污染物对农产品的污染中发挥重要作用。微生物菌剂的迅速发展，有助于减少化肥、农药的使用，维护农业生态环境，保护农产品安全。
2.2.3 微生物肥料
微生物肥料是指在农业生产中使用的、具有特定肥料效应的一类活体微生物制品，活体微生物在肥料效应的产生中起关键作用。微生物肥料可以是菌剂，也可以做成含有一定比例微生物菌剂的有机肥与无机肥复合的复合微生物肥料，还可将畜禽粪便和秸秆等经微生物发酵、腐熟和除臭后制成生物有机肥料。复合微生物肥料除含有微生物菌剂和丰富的有机质外，也含有较高比例的氮、磷、钾等营养元素，微生物可增加肥效或可提高养分的利用效率。生物有机肥料则含有丰富的有机质和一定量的氮、磷、钾营养元素，具有增加土壤营养和改良土壤的功能，还可以做为无土栽培基质使用。近年来微生物肥料发展很快，已有几百家企业从事微生物肥料的生产。微生物肥料的推广应用，可以减少化学肥料的使用量，缓解因长期大量使用化肥造成的水源污染和土壤质量下降，有助于农产品的安全生产和农业的可持续发展。
2.2.4 生物农药
生物农药指的是用微生物生产的用于植物病虫草害防治的活菌制剂或微生物代谢产物制剂。生物农药的应用可减少化学农药的使用量，减少化学农药对农产品及环境的污染，有利于绿色食品、安全食品的生产。我国在20世纪50年代就已开始研究苏云金芽孢杆菌(Bacillus thuringiensis, 简称Bt)杀虫剂，60年代就已工厂化生产Bt菌剂、白僵菌菌剂等微生物杀虫剂、“鲁保1号”防治大豆菟丝子菌剂，并研制出灭瘟素、春雷霉素、井岗霉素等抗生素。近年来，我国的生物农药发展很快，已有二百多家生产企业，产量已有较大规模，在农业生产上发挥了重要作用[5,6]。
2.2.5 饲料添加剂
微生物饲料添加剂是指在畜禽饲养和水产养殖中应用的微生物制品，主要有微生态制剂和饲料酶，它们的应用或可以提高饲料的转化率、促进畜禽生长，或可以调节动物的微生态平衡、提高动物的健康水平。另外，还有一些活菌剂可以用于治疗动物疾病，这些菌剂的应用，可以减少抗菌素的使用，有利于生产安全食品，提高产品的竞争力。近年来，微生物制品在饲养业和养殖业的应用发展迅速，为了提高产品的安全性、逐步规范饲用微生物制剂市场，农业部于1999年公布了允许使用饲料级微生物添加剂和酶制剂的微生物菌种名单[3]。
2.2.6 推动农业生物技术的发展
对微生物的深入认识和研究促生了生物技术，微生物不仅是生物工程改造的主体，也为生物技术提供了DNA载体，微生物丰富多样的基因更为生物工程提供了极为丰富的基因宝库。很多微生物来源的基因被用来改造农用微生物和农作物，提高农用微生物的功效，改良农作物的性状、提高产量和品质，并降低生产成本。
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