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中国农业微生物菌种保藏管理中心目前保藏菌种8千余株，加上国内其他单位保藏的农业微生物菌种估计也不过2万余株。而美国农业部的农业菌种保藏中心(NRRL)现有菌种8万株。我们保藏的菌种数量与国际上较好的菌种中心无法相比，也与我国丰富的微生物资源蕴藏量不相适应，更无法满足我国农业微生物研究及微生物产业对菌种资源的需求。
菌种库库藏菌种多样性不够
我国微生物资源丰富，仅已知的真菌就有10000种，占世界已知真菌种数的十分之一，占我国估计真菌种数的4％，这些真菌大部分均与植物相关。2005年版的《中国农业菌种目录》中，包括细菌、放线菌、酵母菌、丝状真菌和大型真菌，共有252属716种(亚种或变种)[1,2]。可见，已收集保藏的微生物菌种只是很少一部分，很多与农业生产相关的重要种类尚未收集保藏。
对库藏菌种性状的评价不够
由于过去菌种资源的管理工作不够规范，缺乏统一的、较完善的信息记录，也因为实验条件及研究力量的不足，对库藏菌种的研究不够，缺乏重要性状的评价，因而库藏菌种资源的信息不够丰富，不利于菌种资源的进一步开发和利用。
我国农业微生物菌种资源的家底仍不够清楚
近几年在国家自然科技资源平台项目的资助下，经过对菌种资源的整理整合，已经初步摸了家底，但因涉及工作量大，短期内尚难以完全理清，对我国农业微生物菌种资源的家底仍不够清楚。
菌种资源管理体系不完善
分散保藏于各有关单位的农业微生物菌种资源共享机制尚不健全，缺乏相应的政策或机制保障，这些分散保藏、无专人管理的菌种资源随时可能会丧失。同时，缺乏相应的法规，国际交往中也常造成菌种资源流失。
农业微生物菌种资源保藏管理设施薄弱
作为国家级的中国农业微生物菌种保藏管理中心库藏容量较小、设施较为落后。专职的菌种保藏科技队伍较为薄弱。
菌种资源的开发与利用中存在的问题与差距
菌种资源的应用基础研究不够，缺乏对功能微生物菌种发挥作用的内在机制、与其他物种及环境间的互作关系的深入认识，致使产品性能不强、效果不稳。
缺乏新菌株、新基因和新物质的大规模高通量筛选鉴定技术平台，资源挖掘效率低，很多特殊生境和特殊功能微生物资源的研究尚刚起步。
从事农业微生物产品生产的企业多数小而散，技术力量薄弱，菌种改良和新产品创制能力较差，生产条件和工艺落后，产品功能单一、质量不稳定，产品市场竞争力弱。
生产者和一些管理者对于食品安全生产和农业可持续发展还没有足够认识，只看眼前而不顾长远，生产中更偏爱用化肥、农药等化学品。
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