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微生物的生物安全分级多种不同的方法和体系，但差别不大。国际上大多数国家对微生物生物安全分级情况如下：一级指对人或动物无明显致病性的，对环境危害程度微小的，特性清楚的病原微生物；二级是指对人或动物致病性低的，对环境有轻微危害的病原微生物的生物安全水平；三级是指有可能经呼吸道传播以及引起严重的或致死性疾病的、对人引发的疾病具有有效的预防和治疗措施的病原微生物；四级是指能通过气溶胶传播，实验室感染高度危险，严重威胁人和或动物生命和危害环境的，没有特效预防和治疗方法的微生物。对转基因微生物的危害性评估更为困难，需要考虑转基因微生物对于菌株提供和接收者的影响[4]。
我国根据微生物菌（毒）种的危害性，分为四类：一类病原微生物，是指能够引起人类或者动物非常严重的疾病的微生物，以及我国尚未发现或者已经宣布消灭的微生物；二类病原微生物，是指能够引起人类或者动物严重的疾病的微生物，比较容易直接或间接在人与人、动物与人、动物与动物间传播的微生物；第三类病原微生物，是指能够引起人类或者动物疾病，但一般情况下对人、动物或者环境不构成严重危害，传播风险有限，实验室感染后很少引起严重疾病，并且具备有效治疗和预防措施的微生物；第四类病原微生物，是指在通常情况下不会引起人类或者动物疾病的微生物[5]。
微生物材料的遵照国际航空运输协会、万国邮政联盟、联合国危险品运送专家委员会等对微生物有机制品运送的相关规定。材料包装运输遵照国际航空运输协会危险品规则“危险传染物需用干冰保存于冷冻箱中运输，必须附有发货人说明”的字样。英国的UKNCC规定在运送、包装、检验隔离环节上遵循《英国微生物学会安全操作和传递微生物有机体规则》[3]。我国的微生物菌种资源平台项目组制定了《一、二类微生物菌（毒）种包装、运输和开启技术规程》和《三、四类微生物菌（毒）种包装、运输和开启技术规程》对规范微生物菌（毒）种材料的规范包装、运输，进行了详细的规定[6]。
我国对生物危害安全等级较高的微生物菌种规定较为严格，如《兽医微生物菌种保藏管理试行办法》规定“一、二类菌种应严格控制供应范围，经省、市、自治区畜牧（农业）局审定，认为符合本办法规定的使用条件者，经农业部批准，方可供给。”“不能邮寄的菌种及一、二类菌种，必须派专人领取”；“使用单位必须制定使用、保存菌种的制度，指定专人负责保管”；“使用一、二类菌种的单位，应有隔离设备和措施，严防散毒。试验结束时，应由单位领导监督销毁，并将情况以正式公函报管理中心备查” [7]。《中国医学微生物菌种保藏管理办法》的规定如下,“索取一、二类菌种时，需经当地省、自治区、直辖市卫生局同意，部队系统需经省级军区（或军级）卫生主管部门同意。索取一类菌种并需经卫生部批准”；“使用菌种的单位，需有一定从事微生物工作的条件和设备。菌种应有专人负责管理，建立必要的制度。使用一类菌种的单位，需经卫生部批准，使用二类菌种的单位需经省、自治区、直辖市卫生局批准。使用单位要有严格的专用隔离实验室和专用下水、消毒、排气过滤及严格的防鼠、防虫设施。进行有关的昆虫试验时，应有相应的防虫及杀虫装置。进行一类菌种实验时，应设有单独隔离区，经上级主管部门检查符合要求后，由经过专门训练，有经验的技术人员操作，工作时应有严格防护措施。凡有疫苗者，工作人员应进行免疫接种，未经免疫接种人员不得进入隔离区及进行菌种操作。任务完成后应在本单位领导监督下，将菌种销毁。凡进行菌种的动物实验时，都相应地升一级进行管理，二类按一类，三类按二类管理。”“索取一、二类菌种应事先与供应单位联系，经同意后，一类菌种及二类菌种中的马鼻疽假单胞菌、麻风分枝杆菌，狂犬病病毒（街毒）及出血热病毒等，应派可靠人员向供应单位领取（一类应派二人领取），不得邮寄[8]。”
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