虽然其他技术可以测量任一细胞因子，转录因子，或另外的磷酸化蛋白质，细胞内流式细胞仪可以测量多个细胞内标记同时上面的singlecell电平。这种方法提供了数据信号反应，分化状态，和其他细胞活动。特定的细胞表面和细胞内标记物的荧光抗体的结合使用使高分辨率的样本之间的多种细胞类型内的表型和功能的差异比较分析。
在所示的例子中，从人全血中的细胞进行分析的Stat5的磷酸化诱导的IL-2刺激。确定了使用不同人群的天真，效应和记忆性T细胞表型标记。除了 细胞表面标志物，表型分析中T-bet，签名参与γ-干扰素的产生，和已知的表达在NK细胞，CD8 +效应T细胞的转录因子的帮助下，CD4 + T辅助细胞1（Th1细胞）细胞。1,2
在这个实验中，在IL-2的灵敏度的差异，观察在不同类型的细胞。例如，Th1细胞等和非Th1细胞效应/记忆CD4 + T细胞亚群（种群F和E，分别）与非常低浓度的IL-2的刺激，中药标准对照品网整理提供而幼稚的CD4 + T细胞（人口D）和幼稚CD8 T细胞（人口）需要更高剂量的IL-2诱导STAT5磷酸化。
人全血刺激后不同浓度的人重组IL-2（0.05?100毫微克/毫升）15分钟。细胞固定BD Phosflow?裂解/修复缓冲区，通透与BD Phosflow的烫发缓冲III，染色，荧光抗体具体CD3，CD4，CD45RA，T-赌注，和Stat5（pY694）。使用BD LSR II流式细胞仪系统用Cytobank软件样品进行了分析。T细胞亚群被确定，如图所示。
同时测量多个转录因子，细胞因子，和在同一个样品的细胞表面标志物的表达水平的T辅助细胞（Th）细胞的分化和功能的研究是非常有用的。RORγt的签名Th17细胞的转录因子。重要的是为1,2分泌的IL-17和维持CD4 + CD8 +双阳性胸腺细胞。
所示的实验结果，从BALB / c小鼠胸腺和脾脏细胞中分离。胸腺细胞或脾细胞表面荧光抗体染色，具体CD62L，CD44，CD196，或适当的免疫球蛋白同型对照。细胞固定和透BD Pharmingen公司的转录因子的缓冲液设置和RORγt的，Foxp3的，IL-17特异的荧光抗体染色，然后在细胞内，和IFN-γ。
顶部面板中的细胞表达IL-17A较RORγt的表达，调节性T细胞的转录因子Foxp3（上）和IFN-γ（Th1细胞因子）。正如预期的那样在胸腺细胞，有许多IL-17A +RORγt的+双阳性细胞，而基本上没有共表达Foxp3的或IFN-γ与IL-17A。脾细胞表达IL-17A很少。
底部面板中的（B），进一步的分析表明，从脾脏表达的IL-17产生细胞的表面标志物CD44和CD196（CCR6），但不是CD62L，IL-17 +细胞的表型，提供额外的信息。
胸腺细胞或脾细胞表面荧光抗体染色，具体CD62L，CD44，CD196，或适当的免疫球蛋白同型对照。细胞被固定和透BD Pharmingen公司转录因子缓冲器组，然后在细胞内染色RORγt的，Foxp3的，IL-17和IFN-γ。中药标准对照品网整理提供：
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