细胞内的流式细胞术方式于异质性的细胞群的转录因子和相关蛋白的检测。同时分析多个标记允许沿着一个特定的分化途径的细胞的关键时间点，标记，和频率的确定。转录因子是DNA和其他蛋白质结合，调节基因表达的蛋白质。他们发挥关键作用，在细胞发育和分化。例子包括FOXP3 Treg细胞分化为明确的内胚层和Sox17。
FOXP3被认为是调节性T细胞的主控调节。许多转录因子一样，FoxP3的数以千计的基因结合，从而在向上或向下调节的基因表达所必需的调节性T细胞功能。1 SATB1基因组组织者，FoxP3的压抑，防止T-效应的细胞因子的诱导，包括IL-4和IFN-γ。
同样，细胞内细胞因子染色，转录因子检测用流式细胞仪需要细胞的固定和通透。通常位于细胞核DNA和其他蛋白质结合的转录因子。根据对目标分子的抗原决定簇，不同的固定和通透缓冲的性质可能是必要的。
的固定和透化细胞可侵入细胞表面标志物的染色，这使得相容的缓冲液的选择更关键。为了进一步便于转录因子检测，屋宇署已开发了BD Pharmingen公司转录因子的缓冲集。该缓冲系统是强大到足以允许访问大多数细胞内抗原，同时保持大部分的细胞表面标志物的可检测性。
Tregs的人体细胞内流式细胞仪检测。人类调节性T细胞的细胞内流式细胞仪检测人外周血单核细胞表面标记，使用下面的荧光抗体染色：CD4 + CD25 FITC，艳紫421，CD127的Alexa Fluor?647。洗涤后，将细胞固定，透BD Pharmingen公司的转录因子的缓冲液设置。然后将细胞在细胞内染色与FoxP3的PE-CF594，洗涤，并配备了一台PE-CF594可选的过滤器的反射镜单元上BD FACSVerse的流式细胞仪获得的。封闭式的调节性T细胞（蓝色）有CD4 + CD25 高 CD127 暗淡 FOXP3 +表型。
干细胞分化的研究便利套件作为多能性干细胞分化成不同的细胞类型，表达的转录因子和其他蛋白的变化。在哺乳动物的胚胎发育，明确的内胚层产生的肝脏，胰腺和小肠。3-5在指定为最终的内胚层，水平的转录因子SOX17和FOXA2的细胞表面标志物CD184（CXCR4）增加，而多能性的标记，如Nanog和Sox2的减少。
多色流式细胞仪是一个极好的方法，用于确定标记感兴趣的细胞表达的相对数。这是有用的，为研究细胞分化途径分化协议和不同的细胞的分化潜能的优化，量化，和比较，专门为..
为了方便转录因子在干细胞研究，屋宇署已开发了几个关键的干细胞特异性转录因子，包括BD茎流?人类多能干细胞转录因子分析试剂盒（货号：560589），BD茎流检测试剂盒?鼠标多能干细胞转录因子分析试剂盒（货号：560585），BD茎流?人类神经细胞谱系分析试剂盒（货号：561526），以及BD茎流?人类明确和胰腺内胚层分析试剂盒（目录第562496号）。这些套件包含优化的抗体和缓冲体系来表征多能性干细胞，并允许跟踪的多能性干细胞的分化成各自的谱系。
Tregs的人体细胞内流式细胞仪检测。明确的内胚层分化的H9人类胚胎干细胞H9的人类胚胎干细胞（hESCs）（WiCell，麦迪逊，威斯康星州）三天在德爱慕等6分化的细胞进行了分析流式细胞仪使用组件的BD茎流人类最终的协议明确的内胚层分化和胰腺内胚层分析试剂盒和CD184 PE。随着细胞分化的多能性标志物Nanog的水平降低，并增加了明确的内胚层标志物水平的SOX17（绿色）和CD184。流式细胞术的BD?LSR II流式细胞仪系统。
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