化学有一个不好的名字，当它涉及到恐怖主义的话题。很多人联想到化学与化学武器和战争，尽管从化学的应用程序更经常被运用在反恐。化学中起着重要的作用，在防扩散，威胁评估，建模，检测，事件响应，防化，包括非致命性设备的开发和利用。反恐战争是一个跨学科的努力。一些反恐和要求的化学知识应用于专业领域包括：毒理学,微生物,分子生物学,兽医学,病理,临床医学,物理,政策分析
化学反恐的五个特定的应用程序描述如下：法医学法医学物证法方面，是全面的科学的分析。法医学是用于监视和验证符合有关大规模杀伤性武器的条约和协定。化学法医证据是用来识别机制和起源的常规武器和核武器（包括同位素分析）和可疑的信件和包裹。化学原理适用于基因测试，以确定嫌疑人，病原体。取证工具，用于现场分析的例子包括便携式薄层色谱系统高炸药和样品采集技术，固相微萃取技术的基础上，同时扫描多个样品。
采样加强航空安全的需求，加快探测爆炸物，化学武器和生物武器，和其他危险或非法物质的门户网站的发展。这些通道是类似熟悉的金属探测器门户机场，但是新技术着重于从周围空气的潜在的恐怖分子的的'羽流的收集样品。全身发热，不安，一个人周围的空气中含有微量的炸药或其它残留物，可能粘在皮肤和衣服。羽分析可以提供一个优雅的新方法之前识别潜在的恐怖分子，他们的罢工。
检测一个国家的能力，以防止恐怖袭击的一个限制因素是其状态检测技术。虽然真正的化学和核设备，这一点尤为重要，以便及时识别的生物制剂。生物侦测器需要独特的DNA序列或抗体识别和鉴定病原体。尤其是有前途的两个班的生物探测器：基于免疫传感器（代理特定的微型流式细胞仪）和DNA识别工具（基于聚合酶链反应或PCR）。一起使用时，这两个国家的最先进的生物制剂的检测和鉴定检测能力。
对策应用化学抵御恐怖袭击的组成部分。在某些情况下，化学物质可用于中和有害的材料。此外，化学生物攻击的事件中使用的疫苗和抗生素的开发和测试中使用。平民的恐怖袭击的第一反应几乎没有肥皂和水以外，也许漂白，去污方法，所以化学家致力于开发一个易于使用的去污试剂打击化学和生物制剂。
狗仍然非常有效的检测非法和有害物质。此外，犬的嗅觉分析是用来设计仪器，超灵敏的机械检测的物质。如果安全警报发出后，炸弹嗅探犬在美国所有主要机场。狗是用来寻找人，炸弹，地雷，药物，或任何的气味，狗已经练就找到。Athough狗的灵敏度不优于本分析工具，犬情报，使他们更好地准确区分物质。
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