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不断扩大中国农业微生物菌种保藏管理中心库藏的农业微生物菌种资源的数量，并注重提高菌种的多样性，加大收集农业上重要的微生物类群的力度，尤其植物病原微生物、生防微生物、环境治理和土壤修复微生物等，加强土著微生物的采集分离工作。
加强对菌种资源的基础研究和评价工作
加强农业微生物菌种资源的基础研究和评价工作，提高菌种资源的质量；建立、完善统一的标准和规范，实现菌种信息的标准化，为菌种资源的保护、管理和利用提供信息。
开展全国农业微生物菌种资源的普查工作
农业科研单位、高等院校、农业企业等从事农业微生物相关工作的单位，常常分离、收集或引进一些有价值的微生物菌种。开展农业微生物菌种资源的普查工作、摸清家底，将为这些菌种资源的保护和共享提供基础。
完善农业微生物菌种资源的管理体系
菌种保藏机构属于公益性机构，国际上的菌种保藏机构菌种的收集也都以捐赠为主，我们在此基础上，探讨建立一种机制或办法，使分散保藏于各有关单位的农业微生物菌种资源能够备份保藏到国家级的农业微生物菌种保藏中心，以保障菌种资源的安全。同时，健全相应的共享机制，使宝贵的菌种资源在我国的科学事业和经济、社会发展中发挥更大作用。建立相应的法规，避免菌种资源流失。
加强菌种资源的开发利用能力建设
重视微生物菌种资源的应用基础研究，加强人员和硬件建设，建立功能微生物菌种高效筛选、改造的技术平台，提高微生物资源开发利用的科技水平。
探索农业微生物产品规模化生产的路子
建议国家从政策导向上解决好所谓“成果转化”的问题，鼓励企业的产品创新和改进工艺，研发效果好、质量稳定、适应农业发展需要的新产品。
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